Sau khi thực hiện sáp nhập, Trường Tiểu học Khánh Hội được tổ chức và kiện toàn bộ máy quản lý theo hướng thống nhất, tinh gọn, hiệu lực và hiệu quả, phù hợp với quy mô, điều kiện thực tế và yêu cầu nhiệm vụ giáo dục của nhà trường. Cơ cấu tổ chức được phân công rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của từng vị trí, từng bộ phận; đồng thời bảo đảm sự phối hợp đồng bộ giữa điểm trường chính và các phân hiệu. Qua đó, nhà trường phát huy hiệu quả nguồn lực, nâng cao chất lượng quản trị, duy trì sự ổn định trong hoạt động dạy và học, đáp ứng yêu cầu đổi mới giáo dục và phục vụ tốt hơn nhu cầu học tập của học sinh. Sau đây là mô hình bộ máy quản lý, tổ chức Trường Tiểu học Khánh Hội sau sáp nhập.