Căn cứ Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025. 
Xã Khánh Hội được thành lập trên trên cơ sở sắp xếp xã Khánh Mậu, Khánh Thủy và Khánh Hội thành Xã mới có tên gọi là Xã Khánh Hội.

Xã Khánh Hội được thành lập dựa trên cơ sở nhập toàn bộ diện tích tự nhiên là 7,33 km2, quy mô dân số là 8.084 người của xã Khánh Hội và toàn bộ diện tích tự nhiên là 8,03 km2, quy mô dân số là 8.488 người của xã Khánh Mậu và toàn bộ diện tích tự nhiên là 7,53 km2, quy mô dân số là 7.069 người của xã Khánh Thủy thuộc huyện Yên Khánh. Sau khi thành lập, xã Khánh Hội có diện tích tự nhiên là 22,89 km2 và quy mô dân số là 23.641 người. 
Xã Khánh Hội giáp các xã: Yên Khánh, Khánh Nhạc, Khánh Thiện, Khánh Trung, Chất Bình.